Засгийн газрын хуралдаанаар Эрүүл мэндийн яамны Төрийн нарийн бичгийн даргаар Я.Амаржаргалыг томилжээ. Тэрээр Анагаах ухааны дээд сургуулийг хүний их эмч мэргэжлээр төгссөн. ОХУ-ын Томск хотын генетикийн хүрээлэн, ЭМШУҮИС-ийн докторантурт сурч, 2012 онд анагаах ухааны докторын зэрэг хамгаалсан. Анагаах ухааны доктор (Ph.D) цолтой.

2000-2002 онд АНУ-ын Алабамын Их сургуулийн Нийгмийн эрүүл мэндийн сургуульд нийгмийн эрүүл мэнд, олон улсын эрүүл мэндийн чиглэлээр магистрын зэрэг хамгаалсан. 2010 онд Удирдлагын академийн Төрийн удирдлагын сургуулийг төгссөн. Я.Амаржаргал нь Эрүүл мэндийн яаманд 2005 оноос хойш ажилласан бөгөөд өнгөрсөн оны аравдугаар сараас ЭМЯ-ны Төрийн нарийн бичгийн даргын албан үүргийг түр орлон гүйцэтгэгчээр ажилласан юм.